空き巣に入られてしまい、破損被害を受けましたが・・・

ご質問が長かったので、下記に改めて記しますね。

住んでいるアパートが空き巣に入られ窓ガラスを壊されました。 　
鍵はちゃんとかけていたのですが、窓ガラスの修理代は賃借人の負担になるのでしょうか？    

上記のお答えです。
貸主には建物の使用及び収益に必要な修繕をする義務があります(民法606条1項)。
したがって、賃借人が自らの過失で窓ガラスを壊したなどといった特段の事情がない限り、賃貸人に窓ガラスを修繕する義務があります。

台風などで、窓ガラスが割れた場合も同様に考えます。但し、窓に雨戸があるのに閉めておかなかったことでガラスが割れたような場合は、管理義務違反があるとして借主の負担となることもあります。